「2024 年 4 月の労基改正から 2 年経過したが、医師・運送・建設の時間外労働上限規制への対応が中途半端で、36 協定特別条項の管理がエクセルに頼りきっとる。中堅 1,500 名規模で勤怠給与システム刷新したいが、KING OF TIME / freee / マネーフォワード / SmartHR / TeamSpirit のどれを選ぶべきか判断材料がそろわん」――中堅企業（従業員 300-3,000 名）の人事部長・経営企画から最も多い相談がこのテーマだ。 厚労省の 2024 年改正で運送業 960 時間／医師 960-1,860 時間／建設業 720 時間の年間上限が法定化され、違反企業には 6 ヶ月以下の懲役または 30 万円以下の罰金が課される。本記事では中堅向けに主要 6 製品の機能比較・費用レンジ・刷新ロードマップ・36 協定運用設計を 2026 年最新版で整理する。
目次
- 2024 規制と 2 年経過の現状
- 中堅企業が抱える 5 つの構造課題
- 主要 6 製品 機能比較
- 費用設計（初期・年額・5 年 TCO）
- 刷新ロードマップ（10-14 ヶ月）
- 36 協定特別条項の運用設計
- 業種別の論点
- 補助金活用
- よくある質問（FAQ）
- 関連記事
2024 規制と 2 年経過の現状
30 秒サマリ
- 2024 年 4 月、働き方改革関連法の経過措置終了で医師・運送・建設の 3 業種に時間外労働上限規制が法定化（出典：厚生労働省「労働時間制度の概要」、厚生労働省「時間外労働の上限規制」公表資料）
- 上限値は 運送 960 時間 / 医師 960-1,860 時間 / 建設 720 時間（年間）、違反は 6 ヶ月以下の懲役または 30 万円以下の罰金
- 2026 年時点で 2 年経過、中堅企業の 勤怠管理刷新率は 60-70%（残り 30-40% はエクセル併用または旧システム継続）
- 36 協定特別条項の 月別残業集計・特別条項超過アラート・複数事業場の合算管理 がボトルネック
規制の全体像
全業種共通の上限規制（2019 年施行、大企業）／2020 年（中小企業）
原則：月 45 時間、年 360 時間
特別条項：年 720 時間、複数月平均 80 時間以内、単月 100 時間未満
2024 年 4 月から追加対象（経過措置終了）
自動車運転業務（運送）
年 960 時間、改善基準告示で月別・拘束時間規制も併存
医師（特定医師）
A 水準：960 時間、B/C 水準：1,860 時間（地域医療確保等の特例）
建設業
年 720 時間（原則）、災害復旧等は規制対象外
鹿児島・沖縄県の砂糖製造業
年 720 時間（経過措置あり）
罰則の主体は 使用者（企業） であり、勤怠記録の不備・改ざんも刑事罰対象になる。
2 年経過時点の中堅企業の現状
厚労省「労働時間等実態調査」「就労条件総合調査」公開データから推計される中堅企業（300-3,000 名）の状況。
| 指標 | 2024 年 4 月時点 | 2026 年 4 月時点 | 改善幅 |
|---|---|---|---|
| 勤怠 SaaS 導入率 | 約 65% | 約 78% | +13pt |
| 36 協定電子管理率 | 約 40% | 約 55% | +15pt |
| 違反検知件数（推計） | 増加期 | 高止まり | – |
| 給与システム連携 | 約 50% | 約 62% | +12pt |
依然として 22% は完全な勤怠 SaaS 未導入、45% は 36 協定電子管理が未達 で、規制リスクと工数負担の両面で課題が残る。
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中堅企業が抱える 5 つの構造課題
課題 1: 複数事業場の労働時間合算
中堅企業の多くは本社 + 拠点 3-10 ヶ所の構成で、事業場ごとに勤怠管理が分かれている。労基法上は「同一企業内で雇用契約上同一の労働者」の労働時間は合算対象だが、エクセル運用では合算が手動で漏れやすい。
課題 2: 36 協定特別条項の月別管理
特別条項発動時の制約（複数月平均 80 時間以内、単月 100 時間未満、年 6 ヶ月以内）を月次でリアルタイム監視する必要があるが、月末締めのエクセル集計では「月中段階での超過予測」ができない。
課題 3: 業種別の特殊運用
運送業
改善基準告示の「拘束時間」「休息期間」「連続運転時間」を併行管理
通常の労基規制と二重管理
医師
宿日直勤務の取り扱い（労働時間に含めるか）
自己研鑽時間の判定
副業医師の通算
建設業
現場別の勤怠管理
協力会社作業員との混在
日給月給制の残業計算
課題 4: 給与計算との連携不備
勤怠 SaaS と給与システムが分離していると、月初の給与計算で勤怠データを CSV エクスポート → 加工 → 給与システム取込という手作業が発生し、人事部の月初業務が圧迫される。中堅 1,500 名で月 60-100 時間の手作業が残っている例も多い。
課題 5: 労務監査・労基署対応
労基署の監査対応では「労働時間記録の客観性」「打刻と実労働時間の一致」「サービス残業の不存在」を証明する必要があり、紙タイムカードや自己申告制では証明困難。電子打刻 + IP 制限 + 入退館ログ突合が標準的な対応。
主要 6 製品 機能比較
比較対象
中堅 300-3,000 名規模で導入実績のある主要 6 製品。
| 製品 | 提供企業 | 中堅向け強み |
|---|---|---|
| KING OF TIME | ヒューマンテクノロジーズ | 国内シェアトップクラス、業種特化機能豊富 |
| freee 勤怠管理 Plus | freee | 給与・人事・会計と統合、UI 良 |
| マネーフォワード クラウド勤怠 | マネーフォワード | 給与・経費・会計と統合、コスパ良 |
| SmartHR + 勤怠オプション | SmartHR | 人事労務統合、UI トップクラス |
| TeamSpirit | チームスピリット | 工数管理 + 勤怠、Salesforce 連携 |
| Touch On Time | デジジャパン | 中堅製造・建設に強い、現場対応力 |
機能比較表（中堅企業の主要要件）
| 機能 | KING OF TIME | freee 勤怠 | MF 勤怠 | SmartHR | TeamSpirit | Touch On Time |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 打刻方法（指静脈・顔認証等） | 多数対応 | 標準対応 | 標準対応 | 標準対応 | 標準対応 | 多数対応 |
| 36 協定特別条項管理 | 詳細対応 | 対応 | 対応 | 対応 | 対応 | 対応 |
| 複数事業場合算 | 標準 | 対応 | 対応 | 対応 | 標準 | 標準 |
| 改善基準告示対応（運送） | 標準 | 別オプション | 別オプション | 別オプション | 別途設定 | 標準 |
| 医師業務対応（A/B/C 水準） | オプション | – | – | – | – | – |
| 現場・建設業対応 | 標準 | 限定的 | 限定的 | 限定的 | 標準 | 標準 |
| 給与システム連携 | 多数 | 自社統合 | 自社統合 | 多数 | API | 多数 |
| 工数管理（プロジェクト別） | – | – | – | – | 標準 | – |
| 多言語対応 | 英語 | 英語 | 英語 | 英語 | 英語・中国語 | 英語 |
| 中堅向けカスタマイズ | 高 | 中 | 中 | 中 | 高 | 高 |
機能比較は各社公式サイト・公開資料に基づく 2026 年 4 月時点の概要。詳細は導入時に各社へ確認推奨。
給与計算システムとの組合せ
| 給与計算 | 強連携の勤怠 | 補足 |
|---|---|---|
| freee 給与計算 | freee 勤怠管理 Plus | 同社統合で連携手間最小、中堅 1,000 名以下に適合 |
| マネーフォワード クラウド給与 | MF クラウド勤怠 | 同社統合、中堅 500-2,000 名 |
| SmartHR + 給与計算 | SmartHR 勤怠 + 給与 | 人事労務統合、中堅 800-3,000 名 |
| 奉行クラウド | KING OF TIME / Touch On Time | API 連携、中堅製造・建設に多 |
| PCA 給与・人事 | KING OF TIME / 個別 | 中堅 500-2,000 名、伝統業種に多 |
| Workday | TeamSpirit / KING OF TIME | エンタープライズ寄り 2,000 名超 |
中堅では「給与＋勤怠」を同社統合（freee / マネーフォワード / SmartHR）にするか、「業種特化勤怠 + 強い給与システム」（KING OF TIME + 奉行など）の 2 パターンが主流。
製品選定の判定マトリクス
従業員 300-800 名 + 標準業務中心
→ freee 勤怠管理 Plus または MF クラウド勤怠
人事労務統合と低コストが優先
従業員 800-2,000 名 + 業種特化（運送・建設）
→ KING OF TIME または Touch On Time
業種別機能と現場対応力が優先
従業員 800-2,000 名 + 工数管理併行
→ TeamSpirit
プロジェクト別工数 + Salesforce 連携
従業員 2,000-3,000 名 + 複数事業場・グローバル
→ SmartHR + 給与オプション または KING OF TIME
人事マスター統合と権限制御が優先
医師業務含む（病院・クリニック法人）
→ KING OF TIME 医師業務オプション ほぼ一択
A/B/C 水準対応の専用機能が必要
費用設計（初期・年額・5 年 TCO）
初期費用（中堅 1,000 名規模）
構成 A: SaaS 標準導入
製品ライセンス（年額）：300 円/人 × 1,000 名 × 12 = 360 万円
初期セットアップ：50-150 万円
既存データ移行：50-150 万円
社内教育：30-80 万円
合計初期：130-380 万円 + 年額 360 万円
構成 B: SaaS + 給与システム連携カスタマイズ
製品ライセンス（年額）：360-540 万円
初期セットアップ：100-250 万円
給与連携カスタマイズ：200-500 万円
既存データ移行：100-200 万円
社内教育：50-120 万円
合計初期：450-1,070 万円 + 年額 360-540 万円
構成 C: フル刷新（勤怠 + 給与 + 人事マスター統合）
製品ライセンス（年額）：500-900 万円
初期セットアップ + 統合設計：500-1,500 万円
業務システム連携：300-800 万円
既存データ移行・並行稼働：200-500 万円
社内教育・運用設計：100-300 万円
合計初期：1,100-3,100 万円 + 年額 500-900 万円
5 年 TCO 比較（中堅 1,000 名規模）
| 構成 | 初期 | 5 年運用 | 5 年 TCO |
|---|---|---|---|
| A: SaaS 標準 | 200 万円 | 1,800 万円 | 2,000 万円 |
| B: SaaS + 連携 | 750 万円 | 2,250 万円 | 3,000 万円 |
| C: フル刷新 | 2,100 万円 | 3,500 万円 | 5,600 万円 |
中堅 1,000 名で年 2,000-5,600 万円のレンジ。フル刷新は人事 + 給与 + 勤怠を一元化する 3-5 年計画になるため、段階導入が現実的。
隠れコストの見積もり
業務部門の工数（要件定義・テスト・教育）
500-2,000 名規模で 1,000-3,000 時間相当
外部費用ではないが経営説明用に算出
並行稼働コスト
既存システム + 新システムを 2-3 ヶ月並行
既存運用費の 1.5 倍が目安
監査対応（労基署・社内監査）
運用安定までの 6 ヶ月で監査支援工数
100-300 万円
打刻機器・周辺機器
IC カード打刻機、指静脈認証機等
1 拠点 30-100 万円 × 拠点数
公式見積もりに 20-30% の隠れコスト を加味して経営承認を取るのが定石。
刷新ロードマップ（10-14 ヶ月）
Phase 0: 構想策定（M0-M2）
M0-M1: 現状アセスメント
- 既存勤怠運用の業務フロー棚卸し
- 36 協定締結状況、特別条項発動履歴
- 給与計算との連携状況
- 業種特化要件（運送・建設・医師等）の整理
M1-M2: To-Be 構想
- 構成 A/B/C の選定
- 主要 6 製品のショートリスト 3 候補
- 経営承認、予算化
Phase 1: 製品選定（M2-M4）
M2-M3: RFP・デモ
- 候補 3 製品へ RFP 送付
- デモ実施、業種特化機能の検証
- 既存利用企業への参考訪問
M3-M4: PoC・最終選定
- 主要部門で 2-4 週間 PoC
- 給与連携の技術検証
- 製品決定、契約締結
Phase 2: 詳細設計（M4-M6）
M4-M5: 業務設計
- 全社員区分別の勤務形態整理
- 36 協定特別条項の運用ルール確定
- 業種別運用ルール（運送拘束時間、医師宿日直等）
M5-M6: システム設計
- 既存業務システム連携設計
- 打刻機器選定（指静脈・顔認証等）
- 権限制御・データ移行設計
Phase 3: 構築・データ移行（M6-M10）
M6-M8: システム構築
- SaaS テナント設定
- カスタマイズ開発
- 給与システム連携開発
M8-M10: データ移行・テスト
- 過去 12 ヶ月の勤怠データ移行
- 給与計算テスト 3 サイクル（3 ヶ月分）
- 業務部門 UAT
Phase 4: 教育・並行稼働（M10-M13）
M10-M11: 教育
- 管理者研修（人事・労務担当 30-50 名）
- 一般社員研修（全員、e-learning + 集合）
- マニュアル整備
M11-M13: 並行稼働
- 既存 + 新システム 2-3 ヶ月並行
- 給与計算の正確性検証
- 不具合修正、運用調整
Phase 5: 本番切替・ハイパーケア（M13-M14）
M13: 本番切替
- 月初・期初に合わせて切替
- 既存システム停止
- ヘルプデスク強化
M14: ハイパーケア
- 1 ヶ月の集中サポート
- 36 協定特別条項アラートの動作確認
- 労基署対応の証跡確認
36 協定特別条項の運用設計
運用要件
労基法に基づく 36 協定特別条項の遵守要件は以下。
原則の上限
月 45 時間、年 360 時間
特別条項発動時の制約
年 720 時間以内
複数月平均 80 時間以内（2-6 ヶ月）
単月 100 時間未満
年 6 ヶ月以内に特別条項発動回数を制限
業種別追加上限（2024 年 4 月施行）
運送：年 960 時間
医師：A 水準 960 時間 / B・C 水準 1,860 時間
建設：年 720 時間（原則）
罰則
6 ヶ月以下の懲役または 30 万円以下の罰金
使用者（企業）が責任主体
システムで実装すべきアラート
| アラート種別 | トリガー | 通知先 |
|---|---|---|
| 月中段階の予測超過 | 月の半ばで 30 時間超 | 本人 + 直属上司 + 人事 |
| 単月超過リスク | 月末 5 営業日前で 80 時間到達 | 直属上司 + 人事部長 |
| 複数月平均超過リスク | 2-6 ヶ月平均で 70 時間到達 | 人事部長 + 役員 |
| 年間上限近接 | 年間 600 時間到達 | 人事部長 + 役員 |
| 特別条項発動回数超過 | 5 回目発動 | 人事部長 + 役員 |
| 業種別上限近接 | 業種別上限の 80% 到達 | 業種別管理者 + 人事部長 |
36 協定電子管理のメリット
監査対応の即応性
労基署監査時に過去 3 年の協定締結状況・遵守状況を即時提示
部門別管理
事業場・部門単位で異なる協定内容に対応
協定改定時の自動反映
年次の協定改定でルール変更を即日反映
労働者代表選出記録
電子的に投票・選出記録を保管
業務改善との連動
36 協定の遵守だけでなく、根本対策として以下を併行
- 業務量の可視化（部門別残業時間トレンド）
- 業務改善（無駄会議削減、AI ツール導入による自動化）
- 人員配置最適化（繁閑差の平準化）
- 業務分担見直し（特定者への業務集中解消）
業種別の論点
運送業
改善基準告示の併存管理
拘束時間：1 日 13 時間原則（最大 16 時間）、月 284 時間
休息期間：継続 11 時間以上
連続運転：4 時間以内に 30 分の休憩
システム要件
拘束時間と労働時間の二重カウント
運行記録(デジタコ)との連携
運転と運転外作業の区別
中堅運送（200-1,000 台規模）の典型構成
KING OF TIME 運送業オプション または Touch On Time
+ 給与計算（奉行 / PCA）
+ デジタコ連携
医師（病院・クリニック）
2024 年 4 月施行の医師業務時間上限
A 水準：960 時間（一般医師）
B 水準：1,860 時間（救急・地域医療）
C 水準：1,860 時間（研修医・専攻医）
宿日直勤務の取扱い
労働時間に含めるか / 含めないかは厚労省基準で個別判定
許可証取得状況で運用変動
副業・兼業医師の通算
自院 + 他院の労働時間合算
健康確保措置（連続勤務 28 時間以内、勤務間インターバル 9 時間 等）
中堅病院（200-800 床規模）の典型構成
KING OF TIME 医師業務オプション ほぼ一択
電子カルテとの一部連携
建設業
2024 年 4 月施行の上限
年 720 時間（原則、災害復旧等を除く）
月 45 時間、年 360 時間（特別条項なし時）
現場管理の特殊性
協力会社作業員との混在管理（自社雇用者のみ規制対象）
複数現場兼務者の労働時間合算
日給月給制の残業計算
中堅建設（500-3,000 名規模）の典型構成
Touch On Time または KING OF TIME 建設業オプション
+ 現場入退場管理（IC カード / 顔認証）
+ 工事原価管理連携
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補助金活用
中堅企業の勤怠給与システム刷新は補助金で 1/3〜1/2 の費用圧縮が可能（出典：中小企業庁「2026 年度補助金公募要領」、IT 導入補助金 2026 事務局公表資料、厚生労働省「業務改善助成金」）。
IT 導入補助金 デジタル化基盤導入枠
- 補助上限: 350 万円
- 補助率: 中小 3/4、中堅 2/3
- 対象: クラウド勤怠管理、給与計算 SaaS のライセンス・導入支援費
- 注意点: 単独申請可、複数システム同時申請で上限拡大の場合あり
IT 導入補助金 通常枠
- 補助上限: 450 万円（2-1, 2-2 類型）
- 補助率: 中小 1/2、中堅 1/3
- 対象: 勤怠 SaaS + 給与計算 SaaS + 周辺機器（打刻機等）の一体導入
- 注意点: 業務改善効果（労働時間削減、業務工数削減）の数値目標必須
業務改善助成金
- 補助上限: 600 万円
- 補助率: 1/2〜3/4（事業場の最低賃金引上げ額により変動）
- 対象: 賃金引上げに併せた生産性向上設備（勤怠システム含む）導入
- 注意点: 事業場内の最低賃金を 30-90 円引上げる計画とセット申請
働き方改革推進支援助成金
- 補助上限: 200-1,000 万円（コースにより変動）
- 補助率: 3/4 等
- 対象: 労働時間短縮・年次有給休暇取得促進等の取組み（勤怠システム導入含む）
- 注意点: 取組みの成果指標（時間外労働削減率等）達成が要件
補助金活用の組み合わせ例
中堅 1,500 名・構成 B（SaaS + 給与連携）900 万円のケース
IT 導入補助金 デジタル化基盤導入枠
対象工事費 350 万円のうち 233 万円補助（補助率 2/3）
実質負担 667 万円
業務改善助成金（最低賃金引上げ併行時）
対象工事費 300 万円のうち 200 万円補助
実質負担さらに -200 万円
合計 433 万円補助、実質 467 万円（-48%）
申請支援は社労士・中小企業診断士と組むのが定石（採択率 30-50%）。
よくある質問（FAQ）
Q. 既存の勤怠システムから刷新するメリットはありますか？ A. 主に 4 点あります。第 1 に 36 協定特別条項のリアルタイム監視で違反リスク回避、第 2 に給与計算との連携自動化で月初の手作業削減（中堅 1,500 名で月 60-100 時間削減）、第 3 に 2024 年規制対応の業種特化機能（運送・医師・建設）、第 4 に労基署監査対応の証跡電子化です。中堅 1,500 名で 5 年 TCO 3,000 万円の投資に対し、人事工数削減 + 違反リスク回避で 5-7 年で投資回収するケースが多いです。
Q. KING OF TIME と freee 勤怠管理 Plus、どちらがよいですか？ A. 業種と既存システムで判断します。KING OF TIME は国内シェアトップで業種特化機能（運送・建設・医療）が豊富、Touch On Time と並ぶ「業種特化型」の代表です。freee 勤怠管理 Plus は freee 給与計算・freee 会計と統合運用が前提の「統合型」で、UI が良く中堅 500-1,500 名の標準業務中心の企業に適合します。製造・運送・医療など業種特化要件があれば KING OF TIME、汎用業種で給与・会計も同社統合したいなら freee が無難です。
Q. 36 協定特別条項の管理を SaaS で完結できますか？ A. 主要 6 製品はすべて 36 協定特別条項管理機能を搭載しています。月別・年間の労働時間集計、特別条項発動回数のカウント、複数月平均の自動計算、上限近接時のアラートまで標準機能でカバーされます。ただし「協定締結書類の電子保管」は別システム（電子契約サービス）との連携が必要な場合があり、また「労働者代表選出記録の電子化」は SmartHR や別途 HR Tech と組み合わせるのが一般的です。
Q. 給与計算との連携はどのレベルまで自動化できますか？ A. 同社統合（freee 勤怠 + freee 給与、MF 勤怠 + MF 給与等）なら 95% 以上の自動化が可能で、月初の人事担当の手作業はチェック業務のみになります。異なるベンダー間（KING OF TIME + 奉行給与等）でも API 連携または CSV 自動連携で 70-85% の自動化が可能ですが、連携設計の初期工数（200-500 万円）が必要です。中堅 1,500 名で月 60-100 時間の手作業削減が標準的な効果です。
Q. 刷新プロジェクトの社内体制はどう組むべきですか？ A. 中堅 1,500 名規模で「専任 PM 1 名 + 人事キーユーザ 3-5 名（兼務 50%）+ 情シス 2-3 名（兼務 70%）+ 業種特化 SME 1-2 名（兼務 30%）」が最小構成です。PM は人事部長または労務管理経験豊富な管理職、業種特化 SME は運送なら運行管理者、医師なら医療事務責任者、建設なら現場所長などが適任です。専任 PM 不在で外部 PMO 委託も選択肢ですが、業務理解が必要な領域のため最低限の社内人材は必須です。
Q. 労基署の監査対応で必要な証跡は何ですか？ A. 主要なものは 6 種類です。第 1 に過去 3 年分の労働時間記録、第 2 に 36 協定の締結書類と労働者代表選出記録、第 3 に賃金台帳と給与明細、第 4 に時間外労働の業務命令記録、第 5 に休憩取得記録、第 6 に有給休暇取得記録です。SaaS 化により電子的に即時提示可能になり、監査対応工数が従来の 1/5 程度に圧縮できます。打刻データと入退館ログ・PC ログオン ログの突合があるとさらに証拠力が高まります。
Q. 並行稼働期間の業務負担はどう抑えますか？ A. 並行稼働は 2-3 ヶ月が標準ですが、人事部の業務負担が一時的に 1.5-2 倍になる課題があります。3 つの対策が有効です。第 1 に並行期間中は外部労務 BPO に部分委託、第 2 に旧システムからの自動データ取込スクリプトを構築（投資 50-150 万円）、第 3 に並行期間中の給与計算を「新システム本番、旧システム検証」の役割分担にして二重計算を回避します。並行期間の人事担当の残業時間を予算化し、業務優先度を経営判断で調整することも重要です。
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「勤怠給与システム刷新、自社の業種・規模で最適な構成を相談したい」
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参考資料
- 厚生労働省「労働時間制度の概要」公表資料
- 厚生労働省「時間外労働の上限規制」（2024 年改正対応）公表資料
- 厚生労働省「医師の働き方改革に関する検討会 報告書」
- 国土交通省「自動車運転者の労働時間等の改善基準（改善基準告示）」公表資料
- 国土交通省「建設業における働き方改革」公表資料
- 中小企業庁「2026 年度補助金公募要領」
- IT 導入補助金 2026 事務局 公表資料
- 厚生労働省「業務改善助成金」「働き方改革推進支援助成金」公表資料
- 各製品公式サイト（KING OF TIME / freee / マネーフォワード / SmartHR / TeamSpirit / Touch On Time）2026 年 4 月時点
中堅企業の勤怠給与システム刷新・36 協定運用設計・業種特化要件・補助金活用は GXO のシステム開発サービスで対応可能です。
