2026年9月30日で、インボイス制度の2つの経過措置が終了する。 10月1日からは本格適用に移行し、これまで軽減されていた消費税負担と控除の仕組みが変わる。「まだ先の話」と思っている企業も多いが、会計ソフトの設定変更、取引先との確認、税理士との相談を考えると 残り6ヶ月を切った今、動き始めるべきだ。
何が終了するのか——2つの経過措置
経過措置1：2割特例の終了
免税事業者からインボイス発行事業者になった事業者が、納税額を「売上税額の2割」に軽減できる特例が 2026年9月末で終了 する。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 対象 | 免税事業者→インボイス発行事業者になった事業者 |
| 効果 | 納付消費税額を売上税額の2割に軽減 |
| 適用期間 | 2023年10月〜2026年9月末 |
| 終了後 | 原則課税 or 簡易課税で申告（選択届出が必要） |
経過措置2：免税事業者からの仕入税額控除80%→0%
免税事業者（インボイス非発行事業者）からの仕入れについて、買い手側が一定割合を控除できる経過措置が段階的に縮小されてきた。
| 期間 | 控除できる割合 |
|---|---|
| 2023年10月〜2026年9月 | 80% |
| 2026年10月〜2029年9月 | 50% |
| 2029年10月〜 | 0%（控除不可） |
コスト増の試算——あなたの会社への影響
買い手企業への影響（売上5,000万円、免税事業者との仕入500万円の場合）
| 項目 | 〜2026年9月 | 2026年10月〜 | 差額 |
|---|---|---|---|
| 免税事業者からの仕入（税込） | 550万円 | 550万円 | -- |
| うち消費税相当額 | 50万円 | 50万円 | -- |
| 控除できる額 | 40万円（80%） | 25万円（50%） | -- |
| 控除できない額（コスト増） | 10万円 | 25万円 | +15万円/年 |
売り手（2割特例利用者）への影響
年間売上800万円の個人事業主の場合、2割特例終了により納税額が年間10〜30万円増加する見込み。簡易課税の選択届出を提出していない場合は原則課税が適用され、さらに負担が大きくなるケースもある。
会計ソフト・請求書システムの設定変更チェックリスト
10月の制度変更に伴い、経理システムの設定確認が必須だ。以下のチェックリストを使って漏れがないか確認してほしい。
- [ ] 仕入税額控除の経過措置率を 80%→50% に変更する設定があるか確認
- [ ] 免税事業者との取引を識別するフラグ・区分が正しく設定されているか
- [ ] 消費税申告書の計算ロジックが新しい控除率に対応しているか
- [ ] 2割特例を適用していた取引先がある場合、10月以降の税区分を見直す
- [ ] 請求書テンプレートの税率表記が正しいか
- [ ] 電子帳簿保存法の保存要件を満たしているか（タイムスタンプ、検索要件）
主要会計ソフトの対応状況
| ソフト名 | 経過措置率の自動切替 | 対応予定時期 | 備考 |
|---|---|---|---|
| freee会計 | 自動対応予定 | 2026年9月アップデート | クラウド版は自動更新 |
| マネーフォワード クラウド会計 | 自動対応予定 | 2026年9月アップデート | 設定画面で事前確認可能 |
| 弥生会計オンライン | 自動対応予定 | 2026年9月アップデート | デスクトップ版は手動更新が必要 |
| 弥生会計（デスクトップ版） | 手動設定が必要 | バージョンアップ要確認 | サポート終了バージョンは注意 |
| 勘定奉行クラウド | 自動対応予定 | 2026年8月アップデート | 法改正対応は契約に含む |
| PCA会計 | 手動設定が必要 | バージョン依存 | 保守契約の確認が必要 |
税理士に確認すべき3つのポイント
1. 簡易課税の選択届出の提出期限
2割特例の終了後、簡易課税制度を選択する場合は 適用を受けようとする課税期間の開始前日まで に届出書の提出が必要。法人の場合、10月から簡易課税にしたいなら事業年度の開始前日が期限だ。税理士に自社の届出状況と期限を確認しよう。
2. 免税事業者との取引条件の見直し
控除率の低下により、免税事業者との取引コストが実質的に増加する。取引価格の交渉、またはインボイス発行事業者への登録依頼を検討すべきか、税理士に相談して方針を決める。ただし、下請法や独禁法の観点から一方的な値下げ要求は違法となる可能性がある点に注意。
3. 消費税申告書の変更点
2026年10月以降の課税期間について、消費税申告書の計算方法や添付書類に変更がないか確認する。とくに課税期間の途中で経過措置率が変わる場合、期間按分が必要になるケースがある。
ITツール導入で対応——補助金も活用可能
経理業務のクラウド化・自動化は、制度変更への対応と業務効率化を同時に実現できる。デジタル化・AI導入補助金2026のインボイス枠を活用すれば、導入コストの2/3〜4/5が補助される。
| 対応策 | 具体例 | 活用できる補助金枠 |
|---|---|---|
| クラウド会計ソフトへの移行 | freee、MF、弥生オンライン | インボイス枠（最大350万円） |
| AI-OCRで請求書処理を自動化 | 請求書の読取→仕訳の自動化 | 通常枠（最大150万円） |
| 電子帳簿保存法対応 | 電子データの保存・検索環境整備 | インボイス枠 |
FAQ（よくある質問）
Q. 2割特例を使っていたが、届出なしで10月以降はどうなるか
2割特例は届出不要で適用されていたが、終了後は原則課税が適用される。簡易課税を選択したい場合は、別途「消費税簡易課税制度選択届出書」の提出が必要。提出期限は適用を受けたい課税期間の前日まで。
Q. 免税事業者に登録を求めることは問題ないか
登録の依頼自体は問題ない。ただし、登録しない場合に取引を打ち切る、一方的に対価を引き下げるなどの行為は、独禁法・下請法上の問題となりうる。公正取引委員会のガイドラインに沿った対応が必要だ。
Q. デスクトップ版の会計ソフトを使い続けても問題ないか
法改正対応のバージョンアップが提供されていれば問題ない。ただし、旧バージョンでサポートが終了している場合は、経過措置率の自動切替が行われないリスクがある。この機会にクラウド版への移行を検討する価値がある。
追加の一次情報・確認観点
この記事の内容を社内で検討する場合は、一般論だけで判断せず、次の一次情報と自社データを照合してください。特に、稟議・RFP・ベンダー選定では「何を実装するか」よりも「どのリスクをどの水準まで下げるか」を先に決めると、見積もり比較のブレを抑えられます。
| 確認領域 | 参照先 | 自社で確認すること |
|---|---|---|
| デジタル調達 | デジタル庁 | 要件定義、調達、プロジェクト管理の標準観点を確認する |
| Webアプリ品質 | OWASP ASVS | 認証、認可、入力検証、ログ、セッション管理を確認する |
| DX推進 | 経済産業省 DX | レガシー刷新、経営課題、IT投資判断の前提を確認する |
| DX推進 | IPA デジタル基盤センター | DX推進指標、IT人材、デジタル基盤の観点で現状を確認する |
| 個人情報 | 個人情報保護委員会 | 個人情報・委託先管理・利用目的・安全管理措置を確認する |
稟議・RFPで使う数値設計
投資判断では、導入前後で測れる指標を3から5個に絞ります。下表のように、現状値・目標値・測定方法・責任者をセットにしておくと、PoC後に本番化するかどうかを判断しやすくなります。
| 指標 | 現状確認 | 目標の置き方 | 失敗しやすい例 |
|---|---|---|---|
| 対象業務数 | 現状の対象業務を棚卸し | 初期は1から3業務に限定 | 対象を広げすぎて要件が固まらない |
| 月間処理件数 | 件数、担当者、例外率を確認 | 上位20%の高頻度業務から改善 | 件数が少ない業務を先に自動化する |
| 例外対応率 | 手戻り、確認待ち、属人判断を計測 | 例外の分類と承認ルールを定義 | 例外をAIやシステムだけで吸収しようとする |
| 追加要件率 | 過去案件の変更件数を確認 | 要件凍結ラインを設定 | 見積後に仕様が増え続ける |
| 障害・手戻り件数 | 問い合わせ、障害、改修履歴を確認 | 受入基準とテスト観点を定義 | テストをベンダー任せにする |
よくある失敗と回避策
| 失敗パターン | 起きる理由 | 回避策 |
|---|---|---|
| 目的が曖昧なままツール選定に入る | 比較軸が価格や機能数に寄る | 経営課題、業務課題、測定KPIを先に固定する |
| 現場確認が不足する | 例外処理や非公式運用が見落とされる | 担当者ヒアリングと実データ確認を必ず行う |
| 運用責任者が決まっていない | 導入後の改善が止まる | 業務側とIT側の責任分界をRACIで定義する |
| RFPが抽象的で見積が比較できない | 業務フロー、データ、非機能要件が不足 | 見積前に要件定義と受入条件を固める |
GXOに相談する前に整理しておく情報
初回相談では、次の情報があると診断と提案の精度が上がります。すべて揃っていなくても問題ありませんが、分かる範囲で用意しておくと、概算費用・期間・体制の見立てを早く出せます。
- 対象業務の現行フロー、利用中システム、Excel・紙・チャット運用の一覧
- 月間件数、担当人数、手戻り件数、確認待ち時間などの概算
- 個人情報、機密情報、外部委託、権限管理に関する制約
- 希望開始時期、予算レンジ、社内承認者、決裁までの流れ
- 既存システム構成、画面・帳票・データ項目、外部連携、現行ベンダー契約
GXOでは、現状整理、要件定義、RFP作成、ベンダー比較、PoC設計、本番移行計画まで一気通貫で支援できます。記事の内容を自社に当てはめたい場合は、まずは現在の課題と制約を共有してください。
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